Trong những năm gần đây, qua sự giúp đỡ phát hiện của nhân dân và qua khai quật khảo cổ, một số di tích, chứng cứ càng làm rõ thêm sự hiện diện của phong trào Tây Sơn, đội quân Tây Sơn nói chung và võ Tây Sơn nói riêng trên đất Quảng Nam là rất sớm.
Trước hết, hãy nói đến khu mộ của bà Thứ phi vua Quang Trung và các tướng lĩnh Tây Sơn (được nhà nước dựng bia công nhận là di tích lịch sử quốc gia từ năm 1991) nằm tại thôn 5 xã Cẩm Thanh, thành phố Hội An (xưa là xã Thanh Châu, tổng Thanh Châu, huyện Hòa Vang, phủ Điện Bàn, tỉnh Quảng Nam)
“Theo hồi cố của bà con thân tộc cũng như nhân dân sống lâu đời tại địa phương cho biết, dưới thời Tây Sơn có một người con gái tộc Trần tại xã Thanh Châu tên là Trần Thị Quỳ được vua Quang Trung chọn làm quý phi. Khi triều đại Tây Sơn rơi vào tay Nguyễn Ánh, bà trốn về quê thay tên đổi họ rồi làm nghề đưa đò để tránh sự truy sát của triều Nguyễn. Thế nhưng do bị chỉ điểm nên bà đã bị bắt chém tại Kim Bồng (một xã phía tây nam của Hội An). Sau khi chém bà, bọn tay sai đem đầu đi lĩnh thưởng còn thả xác trôi nổi trên sông Hoài và dạt vào cạnh khu Rừng Rẫy thuộc địa phận xã Thanh Châu (xã Cẩm Thanh ngày nay- TXM), thân quyến của bà đã lén vớt xác chôn tại khu Rừng Rẫy cho đến hiện nay” (Tống Quốc Hưng, Trung tâm Quản lý bảo tồn di tích TP Hội An)
Mộ của bà Thứ phi được xây rất nhỏ bằng vôi hợp chất theo hình bầu dục, không có dựng bia. Sau này, con cháu họ Trần mới dựng bia có nội dung như sau: “Đông Châu tiền triều Hoàng hậu Thứ phi tự Quỳ Trần tổ cô mộ”, hai dòng lạc khoản ghi: “Mậu Tuất hạ nguyệt nhật cát, Trần Công tộc nội tôn đồng bái lập” (ngày tốt, tháng mùa hạ, năm Mậu Tuất, cháu nội tộc Trần Công cùng bái lập).
Ở phía tây có ngôi mộ hợp táng của ông bà nội bà Thứ phi. Chung quanh ngôi mộ có thành cao bằng gạch và vôi hợp chất với quy mô 9m x 10m bao bọc. Trước mộ có bình phong lớn và trụ biểu cao nhưng đã bị phá hủy chỉ còn phần dưới chân. Ông nội của bà tên là Trần Công Thức từng giữ chức Đại Đô Đốc Quận Công Đại Tường Tướng Quân dưới triều Tây Sơn. Dưới chân mộ có bia đá lớn ghi : “Hiển khảo Chất Trực Trần Công chi mộ”. Hai dòng lạc khoản đề: “Long Phi Mậu Ngọ mạnh xuân nguyệt cát đán, hiếu nam Công Thành, Công Thạch đồng lập thạch” (ngày tốt, tháng đầu xuân, năm Long Phi Mậu Ngọ, các con Công Thành, Công Thạnh cùng nhau lập bia đá).
Về phía đông nam chừng 5 mét là mộ của anh ruột bà Thứ phi có tên Trần Công Giai, làm quan dưới triều Tây Sơn, giữ chức Cai đội, tước Huyên Hòa Hầu. Mộ có quy mô khá lớn, có tường gạch vôi bao bọc chung quanh nhưng đã bị chiến tranh phá hoại chỉ còn nấm mộ và nhà bia. Bia đá có ghi: “Hiển khảo Thần sách quân Hữu dinh vũ vệ Cai đội Huyên Hòa Hầu thụy Mẫn Trực Trần Công chi mộ”. Hai dòng lạc khoản đề: “Quý Dậu trọng thu cát đán, hiếu nam Trần Công Minh lập thạch” (ngày tốt mùa thu năm Quý Dậu, con trai là Trần Công Minh dựng bia đá).
Cách khu Rừng Rẫy khoảng 200 mét về phía tây nam có ngôi mộ của Khâm sai Trần Chưởng Cơ. Trước mộ còn tấm bia đá bằng sa thạch ghi: “Hoàng Việt hiển khảo Tráng liệt công thần Võ huân tướng quân Khâm sai Chưởng cơ Trần Hầu chi mộ” hai dòng lạc khoản ghi: “Long Phi Mậu Dần niên mạnh thu nguyệt cát nhật, hiếu tôn Trần Văn Bồi lập thạch” (ngày tốt tháng đầu thu năm Long Phi Mậu Dần, cháu là Trần Văn Bồi lập bia đá).
Ngoài các ngôi mộ trên, tại khu Rừng Rẫy và một số địa điểm khác của xã Thanh Châu còn có một số ngôi mộ của các quan lại của triều Tây Sơn như: Mộ Đô ty Tả Trị Hầu Trần Công Trị, mộ Viên tử Trần Công Minh, mộ Thái úy Chơn Quận công Trần Công Thành (cha của bà Thứ phi).
Sau những ngôi mộ tại khu Rừng Rẫy của xã Cẩm Thanh, ngành khảo cổ đã phát lộ thêm một ngôi mộ rất lớn của một vị võ tướng cao cấp triều Tây Sơn tại “Cồn ông Đô” thuộc khối 4 phường Thanh hà, thành phố Hội An (xưa là ấp An Bang, làng Thanh Hà, tổng Phú Triêm, huyện Diên Phước, phủ Điện Bàn, tỉnh Quảng Nam). Xưa kia, quy mô ngôi mộ khá lớn, có tổng diện tích khoảng 300 m2 . Quynh mộ hình chữ nhật, xây bằng vữa vôi, dày 75 cm. Nấm mộ được giật thành 3 cấp. Bia mộ bằng cẩm thạch trắng đặt trên bàn đá chân quỳ bằng sa thạch xám tím, mặt bia đề chữ Hán với nét nhỏ và cạn, về thân thế người dưới mộ chỉ ghi đơn giản là: “Hiển tổ Thụy Hằng Cương Trực Lượng Nguyễn Bá Phủ chi mộ”. Ở dòng lạc khoản ghi: “Đích tôn Đức Hóa, Thứ tôn Đức Thường phụng lập” có nghĩa là cháu đích tôn Đức Hóa và cháu nội thứ Đức Thường lập để thờ.
Vấn đề cần quan tâm đặt biệt ở đây là khi ngôi mộ được phát lộ hoàn toàn, người ta tìm thấy thêm một tấm bia sa thạch màu xám bên trong tấm bia cẩm thạch màu trắng, và ở tấm bia cẩm thạch màu trắng bên ngoài chỉ ghi “tên thụy” thì ở tấm bia sa thạch màu xám bên trong ghi rõ “chức vụ” của người nằm dưới mộ: “Ngự Đạo Thị Lân Vệ Đại Đô Đốc Tặng Phong Đặc Tấn Phụ Quốc Thượng Tướng Quân Phó Thống Lãnh Nguyễn Quý Công mộ”.
Những dòng chữ đó đã xác định rõ người nằm dưới mộ là một võ tướng cao cấp dưới triều Tây Sơn (theo khảo sát chuyên ngành thì chức “Đại Đô Đốc” chỉ có dưới triều Tây Sơn) và sau khi qua đời được gia phong là “Phụ Quốc Thượng Tướng Quân Phó Thống Lãnh”. Cũng cần nói thêm, theo tư liệu truyền khẩu trong dân gian và theo gia phả tộc Nguyễn Đức ở Thanh Hà thì người nằm dưới mộ là Nguyễn Đức Lễ, võ tướng thời Tây Sơn, xung trận nhiều nơi khắp trong Nam ngoài Bắc. Khi nhà Nguyễn lật đổ triều Tây Sơn, để tránh tai họa đối với dòng họ do chính sách trả thù của các vua đầu triều Nguyễn, con cháu tộc Nguyễn Đức đã phá dỡ một phần ngôi mộ, lấy vật liệu xây dựng nhà thờ và sau đó lập thêm tấm bia mới bên ngoài để tránh tai mắt của chính quyền triều Nguyễn.
Và mới gần đây, tại địa bàn Bắc Sơn Phong của thành phố Hội An, lại phát hiện thêm một ngôi mộ của một ông Đô Đốc họ Nguyễn là quan võ dưới thời Tây Sơn.
Qua những di tích đã phát hiện ở trên, có thể thấy rằng:
Thứ nhất, đất Thanh Châu có khu Rừng Rẫy với di tích khu mộ bà Thứ phi vua Quang Trung và các tướng lĩnh Tây Sơn ngày xưa là vùng đất xung yếu về quân sự nên vương triều Tây Sơn đã đặt các căn cứ thủy quân tại đây để trấn giữ, kiểm soát, canh phòng mặt biển và cửa Đại Chiêm để vừa bảo vệ thương cảng Hội An vừa bảo vệ an ninh cho dinh trấn Quảng Nam tại Thanh Chiêm cách Hội An khoảng 10 cây số về hướng Tây. Như vậy, các tướng lĩnh trong các ngôi mộ này đã theo Tây Sơn từ rất sớm (và qua đời theo các năm ghi ở bia mộ) mới thăng đến các chức vụ cao như thế.
Thứ hai, theo gia phả tộc Nguyễn Đức ở Thanh Hà được lập năm Cảnh Thịnh thứ 4 (Bính Thìn niên) thì ông Nguyễn Đức Lễ mất vào năm 1798. Như vậy, ít nhất ông Nguyễn Đức Lễ phải tham gia phong trào Tây Sơn từ những năm 1780 mới thăng đến chức Đại Đô Đốc.
Trường hợp tương tự như Đại Đô Đốc Nguyễn Đức Lễ ở Thanh Hà, ông Đô Đốc dưới ngôi mộ ở địa phận Bắc Sơn Phong cũng không thể không có thời gían theo Tây Sơn từ rất sớm.
Tóm lại, với những chứng cứ cụ thể là những di tích mộ cổ của bà Thứ phi vua Quang Trung và các tướng lĩnh cao cấp thời Tây Sơn ở phố cổ Hội An, có thể thấy rằng: “Võ Tây Sơn đã hiện diện rất sớm trên đất Quảng Nam”, ngay từ những năm đầu các vua Tây Sơn trấn thủ Quảng Nam, là không phải không có cơ sở”